Mølby, qui s'est engagé jusqu'en 2021 à Gand, a entraîné plusieurs clubs, comme T1 ou T2, au Danemark depuis la fin de sa carrière de joueur en 2000. Joueur, le Danois notamment joué à Nantes, au Borussia Mönchengladbach et à Malines. Il compte 16 caps en équipe nationale du Danemark, qui avait remporté l'Euro 1992.